Tujuan didirikannya Magister Sosiologi Program Pascasarjana Universitas Cenderawasih, adalah :
- Tersedianya lulusan yang memiliki kemampuan analisis di bidang sosiologi;
- Menghasilkan lulusan yang kompetitif, berwawasan global, dan berorientasi pada perencanaan pembangunan berkelanjutan serta mampu menyelesaikan masalah sosial secara profesional;
- Meningkatkan kapasitas dosen dan mahasiswa dalam berbagai kegiatan penelitian berstandar nasional dan internasional;
- Dihasilkan karya reset/ilmiah dan terapan yang bermutu dan terpublikasi pada media ilmiah bereputasi yang bermutu;
- Terbangunnya kerjasamasetara dengan pihak lain dalam rangka pengembangan program studi Magister Sosiologi.