Dalam upaya penciptaan kondisi belajar mengajar yang kondusif, peran seluruh komponen (Direktur Program Pascasarjana, Asisten Direktur Program Pascasarjana, Ketua Program Studi, Tenaga Administrasi dan Teknisi) pada Program Pascasarjana Universitas Cenderawasih merupakan faktor penunjang terciptanya kondisi tersebut.
Struktur Organisasi dalam suatu kelembagaan yang tergambar jelas merupakan faktor penunjang untuk tercapatnya pelaksanaan pengembangan. Maka sesuai dengan Keputusan Rektor Universitas Cenderawasih No. 018/H20/KL/2010 Tentang Pendirian Program Pascasarjana Universaitas Cenderawasih, kemudian diangkat Direktur Program Pascasarjana melalui Surat Keputusan Rektor No. 081/H20/KP/20, dan juga pengangkatan Asisten Direktur I (Bidang Akademik), Asisten Direktur II (Bidang Keuangan dan Kepegawaian) sertaAsisten Direktur III (Bidang Kerjasama).
Maka Struktur Organisasi Program Studi Magister Sosiologi Program Pascasarjana Universitas Cenderawasih adalah sebagai berikut :